Institucionální podpora
Hlavní okruhy v oblasti výzkumu jsou podpořeny z institucionální podpory MZ ČR, která slouží jako dlouhodobý základ vědecké činnosti nemocnice. Jednotlivé oborové projekty řešené v rámci institucionální podpory zahrnují většinu pracovišť. Výstupy z projektů jsou každoročně představeny na výroční konferenci, kde taktéž prochází vědeckou oponenturou.
Grantová činnost
Vědecká rada se také zabývá důležitou oblastí grantů. Fakultní nemocnice v Motole řeší národní i mezinárodní granty. Oblasti dominují granty Agentury pro zdravotnický výzkum České republiky (AZV), kterých se Fakultní nemocnice účastní v roli řešitele, ale i spoluřešitele zvláště u projektů přesahujících do základního výzkumu nebo naopak do aplikační sféry.
Kromě grantů AZV jsou řešeny i granty Grantové agentury České republiky (GAČR), Technologické agentury České republiky (TAČR) a granty probíhajícího evropského schématu Horizon Europe.
Projekty Moderních terapií
Od roku 2012 je podpora také uplatňována projektům v rámci tzv. „Moderních terapií“, do nichž jsou zařazené mimořádné projekty přesahující do praktického využití a zkoumající možnosti nových metod diagnostiky či léčby. Projekty většinou probíhají ve spolupráci s externími subjekty.