Кафедра медицинской микробиологии 2-го медицинского факультета Карлова университета и университетской больницы Мотол

Основная информация

Руководство и структура института

Документы для скачивания

Лабораторные руководства

Исследование

Клостридия трудная

Руководитель проекта: Mgr. Марсела Крутова, к.т.н.
Над проектом также работают: Магистр наук Ярослава Зикова, монс. Мари Бражерова

Инфекция, вызванная C. несговорчивый (ИКД) являются наиболее распространенной инфекцией желудочно-кишечного тракта, связанной с оказанием стационарной помощи, также отмечается рост заболеваемости этими инфекциями в обществе. С 2006 г. рост заболеваемости ИКД связывают с распространением эпидемического риботипа 027 и его восточноевропейского варианта риботипа 176, описанных MUDr. Ничем, к.т.н. и доктор медицинских наук Матейкова, которая положила начало традиции исследований в области CDI на нашем рабочем месте.

Для внешних рабочих мест мы предоставляем подтверждение противоречивых данных о наличии токсинов A/B в кале, риботипировании изолятов. C. несговорчивый и тестирование чувствительности к антибиотикам по выбору. Образец стула можно отправить на посев на наше рабочее место.

В эпидемиологических целях мы проводим характеристику штаммов с использованием полногеномного секвенирования. По согласованию может быть проведено секвенирование генома клинически значимых изолятов для выявления новых механизмов резистентности или вирулентности.

По договоренности может быть предоставлена ​​оценка диагностических иммуноферментных наборов на выявление. C. несговорчивый GDH и токсины A/B. Мы не оцениваем иммунохроматографические наборы из-за их, как правило, низкой чувствительности и риска ложноположительных результатов.

В настоящее время мы являемся соавторами проекта АЗВ по этой теме: In vitro активность новых гибридных линкозамидных антибиотиков в отношении клинических штаммов Clostridioides (Clostridium) difficile (основным бенефициаром поддержки является Институт микробиологии Академии наук Чешской Республики, В. в. и., монсеньор Зденек Каменик, доктор философии.

Кроме того, аспирант Mgr. Зикова Ярослава в диссертации «Молекулярные механизмы резистентности к противомикробным препаратам в эпидемических линиях». Клостридия трудная и студент Mgr. Мария Бражерова в своей диссертации «Молекулярные и фенотипические маркеры, определяющие распространение грамположительных внутрибольничных патогенов».

Муковисцидоз (МВ)

Руководитель проекта: проф. MUDr. Павел Древек, к.т.н.

Молекулярная эпидемиология возбудителей, ассоциированных с заболеванием муковисцидозом (Burkholderia cepacia complex, Pseudomonas aeruginosa, Achromobacter spp.), стала традицией на рабочем месте, которая в последнее время дополняется поиском способов достоверного выявления респираторной инфекции при отсутствии мокроты. доступны (пациенты, получающие модуляторное лечение, часто не откашливают мокроту). С 2022 года мы будем обнаруживать антитела против P. aeruginosa в сыворотке пациентов.

Тесно связанная по полю и персоналу лаборатория органоидов и респираторных тканей занимается изучением частоты ответа на препараты из категории модуляторов хлоридных каналов (CFTRm) и поиском пациентов с МВ, которые восприимчивы к этому лечению и могут получить от него пользу. Другая цель — уточнить диагностику МВ в неоднозначных случаях с помощью этих методов ex vivo.

Молекулярная диагностика

Руководитель проекта: проф. MUDr. Павел Древек, к.т.н.

Молекулярные методы стали основным носителем инноваций в диагностике инфекционных заболеваний в последние два десятилетия. Они сокращают время получения результата, повышают чувствительность и специфичность исследования, позволяют обнаруживать некультивируемые инфекционные агенты и гены устойчивости к противомикробным препаратам, а также становятся областью микробиологического так называемого тестирования на месте оказания медицинской помощи.

Группа лаборатории молекулярной диагностики занимается оптимизацией и оценкой коммерческих диагностических платформ, а также оценкой их эффективности с точки зрения ухода за пациентами. Основной предмет интереса — быстрое выявление возбудителей, вызывающих септические состояния, и обширные множественные, так называемые синдромные панели.

Молекулярные маркеры эпидемиологии и вирулентности

Руководитель проекта: Mgr. Марсела Крутова, к.т.н.
Над проектом также работают: проф. доктор медицинских наук Павел Држевинек, к.т.н. Магистр наук Ярослава Зикова, монс. Мария Бражерова, инж. Драттова Барбора, инж. Антушкова Милена, доктор медицинских наук. Гриндлерова, доктор медицинских наук Штефан Марек, MBA, MUDr. Якуб Кантор, бакалавр технических наук Люси Эрнади, монсеньор. Ян Ткадлец, доктор философии.

Полногеномное секвенирование (WGS) стало эталонным стандартом для расследования вспышек и типирования патогенов, поскольку оно обеспечивает разрешение, которого невозможно достичь обычными молекулярными методами. Мы также можем использовать WGS для выявления генов или мутаций, связанных с устойчивостью к антибиотикам или повышенной вирулентностью бактериальных штаммов.
В исследовательских проектах используется секвенатор для коротких чтений (NextSeq 2000, Ilumina) и MinION для длинных чтений. Комбинация этих двух подходов позволяет собрать полный бактериальный геном, включая идентификацию отдельных плазмид.

WGS — основной метод студенческих исследовательских проектов, целью которых является выявление и характеристика возбудителей в инфекционных состояниях с отрицательным посевом, они находят изменения в эпидемиологии Синегнойной палочки у пациентов с муковисцидозом или тех, кто ищет Факторы вирулентности и адаптивности клинических изолятов Streptococcus pyogenes, виды Achromobacter.или раскрыть молекулярные механизмы устойчивости к противомикробным препаратам у Клостридия труднаяили энтеробактерии устойчив к карбапенемам или энтерококки, устойчивые к ванкомицину.

Студенческие исследовательские проекты

Обнаружение и характеристика возбудителей при культурально-негативных инфекционных состояниях – доктор медицинских наук Якуб Кантор (докторантура с 19 сентября 9 г.), проф. доктор медицинских наук Павел Држевинек, к.т.н. (надзор)

Содержанием проекта будет анализ образцов, преимущественно преимущественно стерильных, которые остаются культурально-отрицательными, даже если панбактериальная ПЦР (16S рДНК) показала положительный результат. Эти образцы будут подвергнуты количественной оценке и секвенированию для определения клинически значимых генов, особенно генов устойчивости к антибиотикам и генов вирулентности. Этот ретроспективный анализ будет дополнен проспективным наблюдением пациентов с выбранными клиническими диагнозами.

Изменения в эпидемиологии Синегнойной палочки у пациентов с муковисцидозом, находящихся на лечении модуляторами - До н.э. Люси Эрнади (дипломная работа, от 16 октября 10 г.), проф. доктор медицинских наук Павел Држевинек, к.т.н. (надзор)

Цель работы – картирование изменений в возникновении П. палочка, изучить различия в популяциях псевдомонад и оценить полезность альтернативных методов диагностики, которые дополняют или они заменяют культуральное исследование. Данные национального реестра CF будут оцениваться в сочетании с микробиологическими результатами, такими как посев, видоспецифичная ПЦР и обнаружение системных антител против П. палочка. Архивированные и вновь приобретенные штаммы П. палочка будут изучены с помощью мультилокусного секвенирования-типирования и с точки зрения изменения чувствительности к препаратам антибиотиков.

Факторы вирулентности и адаптивности клинических изолятов Streptococcus pyogenes – доктор медицинских наук Марек Штефан, доктор философии. (докторантура с 19 сентября 9 г.), Mgr. Марсела Крутова, доктор философии. (наблюдение), MUDr. Милан Троянек, доктор философии. (консультация)

Проект направлен на сравнение фенотипических свойств и генотипов изолятов. S. pyogenes выращены из разных мест. По этим изолятам доступны клинические данные пациентов и результаты параклинических исследований, что позволяет детально охарактеризовать популяцию больных неинвазивными и инвазивными стрептококковыми инфекциями (тип и тяжесть заболевания, клиническое течение, ответ на таргетную антибиотикотерапию). . Среди фенотипических свойств изолятов исследованы устойчивость к широкому спектру антимикробных веществ, способность образовывать биопленку, скорость роста и способность выживать, особенно в присутствии пенициллина. Выбранные изоляты будут секвенированы с использованием коротких ридов (Illumina) и длинных ридов (minION). Гибридная сборка этих последовательностей позволит собрать полные геномы.

Молекулярные механизмы устойчивости к противомикробным препаратам в эпидемических линиях Клостридия трудная – Магистр наук. Зикова Ярослава (докторантура – ​​с 19 сентября 9 г.), Mgr. Марсела Крутова, доктор философии. (надзор)

Задачами диссертации являются:

1. геномный анализ чувствительных и резистентных штаммов C. несговорчивый одного и того же риботипа, для которого механизм резистентности еще не выяснен,
2. сравнение соседних областей генов устойчивости в геноме у восприимчивых и устойчивых изолятов с одним и тем же механизмом,
3. идентификация мобильных генетических элементов, которые могут переносить гены устойчивости,
4. для штаммов с выявленным механизмом устойчивости без ожидаемого фенотипа устойчивости штаммы с субингибирующими концентрациями антибиотика будут культивироваться для проверки того, что это не индуцируемый механизм устойчивости.

Кроме того, будет исследована целостность гена устойчивости, включая прилегающие области гена устойчивости.

Молекулярная эпидемиология энтеробактерий, устойчивых к карбапенемам – доктор медицинских наук Анежка Гриндлерова (докторантура с 1 октября 10 г.), магистр. Марсела Крутова, доктор философии. (руководство), проф. доктор медицинских наук Павел Држевинек, к.т.н. (консультация)

Основной целью представленной диссертации является сравнение различных методов типирования, используемых для характеристики клинических изолятов энтеробактерий-продуцентов карбапенемаз, которые потенциально могут быть использованы в режиме реального времени, т.е. в день получения культуры бактериального изолята из CRE. группа, такая как инфракрасная спектроскопия (инфракрасная спектроскопия с преобразованием Фурье (FTIR)) и анализ плавления высокого разрешения (HRMA). Сначала мы характеризуем выбранные изоляты с помощью полногеномного секвенирования (WGS, Short Reads, Illumina). Мы будем использовать секвенирование длинного чтения (MinION) для характеристики отдельных плазмид. В рамках диссертации также будет отслеживаться возникновение новых механизмов резистентности к противомикробным веществам, предназначенным для лечения инфекций, вызванных мультирезистентными энтеробактериями, такими как колистин, тигециклин, амикацин или фосфомицин, а также к новым антибиотикам - бета-лактамам. в сочетании с ингибиторами бета-лактамаз. Механизм устойчивости будет выявлен с помощью сравнительного биоинформационного анализа чувствительного бактериального штамма.

Молекулярные и фенотипические маркеры, определяющие распространение грамположительных внутрибольничных возбудителей – Магистр наук. Мария Бражерова (докторантура, с 1 октября 10 г.), Mgr. Марсела Крутова, доктор философии. (надзор)

Целью диссертации является

1. выявление фенотипических признаков и генотипов, которые позволяют распространять эпидемически успешные риботипы C. несговорчивый и спа-типы MRSA в больницах и в обществе
2. проспективный мониторинг возникновения энтерококков, устойчивых к гликопептидам, с более тщательной характеристикой изолятов.

Данный проект поддержан Внутренним грантом юниора Ф.Н. Мотола (2022 г.) и Грантовым агентством Карлова университета (ГАУК 197323).

Факторы риска и исходы, специфичные для штамма Клостридия трудная инфекции – Магистр. Пит Кинросс (диссертация с 30), Mgr. Марсела Крутова, доктор философии. (надзор).

Этот проект направлен на выявление распространения известных подтипов Clostridioides difficile и факторов риска C. несговорчивый инфекции (ИКД) и тяжелые исходы ИКД в Чешской Республике, начиная с 2015 г. Основными результатами проекта являются (A) характеристика изменений в распределении знаменитостей. C. несговорчивый подтипы в случаях ИКД в больницах Чешской Республики с 2015 года, идентифицированные на основе их риботипа, типа последовательности и/или профиля устойчивости к противомикробным препаратам; (Б) выявление факторов риска заражения этими подтипами; и (C) оценка исходов ИКД, специфичных для подтипа, включая тяжелую инфекцию и смерть.

Влияние часто используемых препаратов на рост, устойчивость к противомикробным препаратам и вирулентность отдельных патогенных бактерий - До н.э. Адела Розсипалкова (дипломная работа, от 12 октября 10 г.) Mgr. Ян Ткадлец, доктор философии. (надзор)

Такие лекарства, как ацетилсалициловая кислота, парацетамол и ибупрофен, занимают лидирующие позиции в потреблении наркотиков. Описано, что некоторые из этих веществ оказывают противомикробное действие и влияют на физиологические процессы бактериальной клетки.
Цель диссертационной работы – описать влияние вышеуказанных препаратов на отдельные свойства бактерий на примере золотистого стафилококка. Мы занимаемся антимикробным действием препаратов на хорошо изученные изоляты S. aureus, включая штаммы MRSA. Мы тестируем, как эти вещества могут влиять на рост бактерий и в каких концентрациях, могут ли они влиять на действие антибиотиков, образование биопленок или гемолитическую активность.

Молекулярная эпидемиология метициллинрезистентности Золотистый стафилококк и коагулазонегативные стафилококки - До н.э. Павлина Мразкова (дипломная работа, от 25 октября 10 г.), магистр. Ян Ткадлец, доктор философии. (надзор)

Золотистый стафилококк является одним из важнейших патогенов человека. Коагулазонегативные стафилококки лишены патогенного потенциала. С. золотистый, но они выделяются способностью накапливать гены устойчивости, которые считаются донорами для S. aureus.
В рамках дипломной работы изучаются метициллинрезистентные изоляты. С. золотистый (MRSA) и коагулазонегативные стафилококки из чешских больниц. Цель состоит в том, чтобы охарактеризовать изоляты с точки зрения чувствительности к противомикробным препаратам, клональной структуры, присутствия и совместного использования генов устойчивости и вирулентности между MRSA и коагулазонегативными стафилококками, включая анализ связанных мобильных генетических элементов.

Эпидемиология и характеристика клинически значимых, устойчивых к антибиотикам бактериальных патогенов. – Магистр наук. Ева Смеликова (докторантура, с 7 октября 10 г.), Mgr. Ян Ткадлец, доктор философии. (надзор), Mgr. Марсела Крутова, доктор философии. (консультация)

Диссертация посвящена анализу встречаемости полирезистентных бактериальных возбудителей среди пациентов Мотолской больницы, а также в обществе среди студентов-медиков. В число контролируемых резистентных патогенов входят устойчивые к метициллину S.Taphylococcus aureus (MRSA), ванкомицин-резистентные энтерококки (VRE), колистин-резистентные и/или β-лактамазы расширенного спектра действия (ESBL), β-лактамазы типа AmpC и Enterobacteriaceae, продуцирующие карбапенемазы (KPC). Прямое выявление генов резистентности в клинических образцах от пациентов и бессимптомных носителей осуществляется с помощью ПЦР, а также путем культивирования для получения специфических изолятов для их более точной характеристики. У изолятов с подтвержденной устойчивостью наличие ключевых генетических детерминант устойчивости проверяют с помощью ПЦР. Отобранные устойчивые изоляты дополнительно анализируются с использованием полногеномного секвенирования.

Проект поддержан Грантовым агентством Карлова университета (GAUK 54121).

Золотистый стафилококк

Руководитель проекта: Mgr. Ян Ткадлец, доктор философии.

Золотистый стафилококк является важным бактериальным патогеном, вызывающим инфекции у госпитализированных пациентов, в обществе и у животных. Метициллин устойчивый С. золотистый (MRSA) представляет собой одну из основных угроз здоровью человека с точки зрения распространения устойчивости к противомикробным препаратам.

В рамках исследования С. золотистый мы фокусируемся на:

1. Эпидемиология
   Проводим типирование изолятов С. золотистый и MRSA, мы обычно используем так называемый метод спа-типирования. Для штаммов MRSA методом SCC определяем тип хромосомной кассеты, несущей ген устойчивости к метициллину.MEC-печатать. Мы проводим скрининг выбранных факторов вирулентности (ПВЛ и ТССТ-1), выявление детерминант метициллинрезистентности (МЕКА, МЕКС). В настоящее время мы концентрируемся на характеристике изолятов с использованием полногеномного секвенирования.
2. Эволюция С. золотистый – как происходит выделение доминантных линий
   Мы основываемся на знании эпидемиологии, которую мы до сих пор лучше всего изучили в отношении MRSA. В случае штаммов, представляющих доминирующие эпидемические линии MRSA, встречающихся в Чешской Республике, мы изучаем их физиологические свойства, которые могут быть связаны с успешным распространением. Мы тестируем влияние различных концентраций антибиотиков и других часто используемых препаратов (парацетамола, ибупрофена и т. д.) на скорость роста штаммов и другие свойства, такие как образование биопленок, гемолитическая активность и другие.
3. Нетрадиционные механизмы толерантности к антибиотикам
   С. золотистый характеризуется способностью противостоять лечению антибиотиками и вызывать рецидивирующие и хронические инфекции. Мы фокусируемся на изучении персистенции, толерантности, образования карликовых колоний (так называемых вариантов малых колоний) или гетерорезистентности, которые обычно не проверяются, но могут привести к неудаче лечения и хронической инфекции.

Грантовая поддержка:
Полногеномное секвенирование для изучения эпидемиологии стафилококков и анализа генетических и физиологических особенностей, связанных с распространением метициллинрезистентных и чувствительных штаммов Золотистый стафилококк и коагулазонегативные стафилококки. NU23-09-00080, Агентство медицинских исследований Министерства здравоохранения Чешской Республики. 2023-2026 гг.

Решенные дипломные работы:
До н.э. Адела Розсипалкова, запущена в эксплуатацию в 2022 году.
До н.э. Павлина Мразкова, спущен на воду в 2023 году.

Фотогалерея

 

 

Контакт

В Увале 84
Прага 150 06 5
тел: 224 435 390
тел: 224 435 350
Эл. адрес: microbiologie@fnmotol.cz
местонахождение: ДОМ 20