Научно-исследовательская деятельность в университетской больнице Мотол прочно укоренилась и пересекается со всеми медицинскими дисциплинами, функционирующими в этой больнице. Исследовательские проекты используют потенциал и широту областей, охватываемых рабочими местами больницы, и дополнительно углубляются за счет сотрудничества с рабочими местами университетов, особенно со 2-м медицинским факультетом, Карловым университетом, Академией наук и рядом других национальных и международных институтов.
FN Motol активно работает над обеспечением этой деятельности и активно участвует в получении национальных и международных грантовых проектов, планов исследований, постоянной институциональной поддержки и других форм поддержки науки и исследований.