В университетской больнице в Мотоле научная деятельность, поддерживаемая грантовыми агентствами, ведется на долгосрочной и долгосрочной основе. В настоящее время сотрудники университетской больницы Мотол являются основными исполнителями грантов Агентства исследований в области здравоохранения (AZV), а также грантов, поддерживаемых Европейским Союзом и США. В качестве соисследователей они также участвуют в грантах Агентства грантов Чешской Республики (GAČR) и Агентства грантов Карлова университета (GAUK). В конце 2011 года завершен научно-исследовательский проект «Совершенствование методов ранней диагностики, профилактики и лечения тяжелых нарушений репродуктивной функции, пренатального и постнатального развития у детей и взрослых». В масштабном проекте приняли участие 72 решателя частичных задач из числа врачей университетской больницы в Мотоле, работа которых была разделена на 51 тематический проект и 10 тематических блоков.
С 2012 года научно-исследовательская деятельность Университетской клиники в Мотоле поддерживается, в частности, институциональной поддержкой Министерства здравоохранения Чешской Республики. Это позволило финансово обеспечить исследовательские проекты 43 рабочих мест в виде внутренних грантов.
Кроме того, с 2012 года оказывается поддержка проектам в рамках «Современной терапии», в том числе экстраординарным проектам с использованием клеточной или тканевой терапии.