Fakultní nemocnice v Motole je významným centrem pro diagnostiku a léčbu vzácných onemocnění. Jako HCP (Health Care Provider) se zapojuje do systému Evropských referenčních sítí (European Reference Networks).
Seznam ERNs aktivních ve Fakultní nemocnici v Motole koresponduje s Národními centry vysoce specializované péče o pacienty se vzácným onemocněním uveřejněnými ve Věstníku MZ ČR č. 1/2022.