Ve Fakultní nemocnici v Motole průběžně a dlouhodobě probíhá vědecká činnost podporovaná grantovými agenturami. V současnosti jsou pracovníci FN Motol hlavními řešiteli grantů Agentury pro zdravotnický výzkum (AZV), dále grantů podporovaných Evropskou unií i USA. Jako spoluřešitelé se podílejí i na grantech Grantové agentury České republiky (GAČR) a Grantové agentury Univerzity Karlovy (GAUK). V konci roku 2011 byl ukončen výzkumný záměr s názvem „Zdokonalení časné diagnostiky, prevence a léčby těžkých poruch reprodukce, prenatálního a postnatálního vývoje u dětí a dospělých“. Do rozsáhlého projektu bylo zapojeno 72 řešitelů dílčích úkolů z řad lékařů FN v Motole, jejichž práce byla rozdělena do 51 tématických projektů a 10 tématických bloků.
Od roku 2012 je vědecko-výzkumná činnost ve Fakultní nemocnici v Motole mimo jiné podpořena také institucionální podporou MZ ČR. Ta umožnila finančně zajistit výzkumné projekty 43 pracovišť formou interních grantů.
Dále je od roku 2012 uplatňována podpora projektům v rámci „Moderní terapie“ do níž jsou zařazené mimořádné projekty využívající buněčné či tkáňové terapie.